实验流程概览:
一、添加/导入样本
路径:样本——样本管理
PC端或手机端添加NGS项目的样本,这里以PC端为例。
二、样本批量接收
路径: 接收一一样本批量接收列表
2.1.样本接收
添加的时候,根据订单条形码或快递单号等扫码查询;也可以批量查询接收样本;可以对样本进行编辑、质检操作;接收列表能自动生成样本编码,完成之后保存信息。
三、NGS实验流程
3.1病理分析
路径: 实验——NGS实验一一病理分析
点击【添加】,样本进入病理分析阶段
待选列表选择编码记录过的样本,配置实验人员,添加样本到右侧列表中,点击保存。
实验检测完后点击实验结果,记录该流程结果以及审核是否合格。
记录实验含量参数的数值,根据实验质控标准评定结果是否合格,并提示下一实验流程。
3.2核酸提取DNA
路径: 实验——NGS实验一一核酸提取DNA
病例分析结束后,同理在实验模块找到核酸提取DNA点击添加开启DNA提取。
左侧列表出现熟悉的样本信息以及上步实验流程信息,配置实验人员点击添加到右侧列表中,点击保存。
右侧列表对样本信息以及实验信息查看;实验检测完后点击实验结果进行DNA结果录入审核。
记录DNA提取中的参数以及其数值,根据实验质控标准评定结果,并提示下一实验流程。
3.3文库构建
路径: 实验——NGS实验一一文库构建
DNA提取结果录入分析后,进入NGS文库构建实验;同样找到对应的实验进行添加开启;添加时配置实验人员,添加到右侧实验列表中,点击保存。
查看样本信息以及上一步DNA提取实验信息;文库构建实验检测完后点击实验结果进行结果录入审核。
批量导入或手动记录文库构建中的参数以及其数值,根据实验质控标准评定结果,并提示下一实验流程,提交保存。
3.4杂交捕获
路径: 实验——NGS实验一一杂交捕获
NGS文库构建结果录入分析后,对应模块点击添加开启NGS杂交捕获实验;添加时配置实验人员,添加到右侧实验列表中。
杂交捕获实验检测完后点击实验结果进行结果录入审核。
同理记录杂交捕获中的参数以及其数值,根据实验质控标准评定结果,并提示下一实验流程,提交保存。
3.5上机测序
路径: 实验——NGS实验一一NGS测序
NGS杂交捕获结果录入分析后,对应模块点击添加开启上机测序;添加时配置实验人员,添加到右侧实验列表中。
上机测序实验检测完后点击实验结果进行结果录入审核。
同理记录上机测序中的参数以及其数值,根据实验质控标准评定结果,并提示下一实验流程,提交保存。
3.6NGS数据分析
路径: 实验——NGS实验一一NGS数据分析
上机测序实验结束后,找到NGS数据分析点击添加开启数据分析;添加时配置实验人员,样本添加到右侧实验列表中。
数据分析实验检测完后点击实验结果进行结果录入审核。
同理记录数据分析中的参数以及其数值,根据实验质控标准评定结果,并提示NGS实验流程已完成,提交保存。
3.7异常处理
3.7.1实验前异常(样本质检不合格)
除了上文正常走通实验之外,当然也会出现实验异常;当样本录入后,质检发现样本异常后会被作为异常样本处理,如样本血液未达标等问题。
异常样本接收后,该样本重新补样处理再进入正常流程,其他影响对该订单终止检测;并备注详细情况。
3.7.2实验中异常(实验分析结果不合格)
实验流程中,根据质控标准评定是否合格,当参数数值结果不达标,结果为不合格时,会被记录到该实验异常结果列表中。
不合格的实验结果不处理,进度会一直停留在该流程中。
如病例分析结果不合格时,进入病例分析异常结果列表;选择继续原流程、终止或者重新选择下一实验流程处理该结果。
处理完后,该样本按照修改后的流程进行实验。